科学的饲养管理全价平衡的营养鸵鸟的营养水平是影响孵化率的基本因素，鸵鸟繁殖期饲料中代谢能的需要量为11.3千焦/公斤，粗脂肪应限制在6%-8%；蛋白质为18%-24%，同时注意几种氨基酸的供给(%)：精氨酸1.04、赖氨酸0.86、蛋氨酸+胱氨酸0.73、苯丙氨酸0.95、缬氨酸1.02；粗纤维适宜含量为10%、钙4%-4.5%、有效磷0.4%、钠0.3%、镁0.25%，维生素E为80国际单位/公斤，应注意青绿饲料的优质性，适当补充泛酸和其他微量元素。据研究发现，成年鸵鸟在繁殖季节，饲喂的日粮营养含量为低能量、高蛋白、高纤维素，而且用肉骨粉、血粉代替鱼粉，可以获得较高的孵化率。
健康的管理首先应保持适宜的运动，控制体重。鸵鸟在产蛋期应防止体重过肥或过瘦，否则，影响繁殖。其次，公母比例应搭配合理，一般为1∶2，若公鸟确实优秀，可加大到1∶3-4。最后，应加强日常管理，合理地设置鸵鸟产蛋窝，及时清除粪便和捡蛋，保持鸟舍干燥清洁，防止细菌污染，淘汰无生育能力或缺乏“爬跨”能力的公鸟，同时，在鸵鸟繁殖期间不要随便转栏、更换饲养员或突然驱赶鸵鸟，以避免鸵鸟受惊吓等应激，定期对鸟舍和运动场等环境进行消毒，对鸵鸟进行检疫、防疫，保持鸟群健康。
严格选择种蛋种蛋必须来自优良、健康的鸟群，挑选种蛋时，先将薄壳蛋、砂壳蛋、钢皮蛋及过大、过小、过扁、过圆、污染面积过大的种蛋挑出。对刚产出的种蛋不宜马上入孵，要贮存24小时以上，但最好不要超过6天，保存的温度以15℃为宜。若保存期超过6天，需要降低温度，保存种蛋的相对适宜湿度应为70%-80%，并注意贮存室的通风。种蛋保存时，应大头朝下，每天翻动1次。
完善卫生消毒措施鸵鸟蛋贮藏室的消毒每两天用消毒液擦地板1次，隔两周全面清洗、消毒，并用福尔马林溶液进行熏蒸。
种蛋的消毒鸵鸟产蛋时，饲养员要用消毒纱布接住，然后送孵化室消毒，消毒剂量每平方米用37%的福尔马林42毫升，高锰酸钾21克，熏蒸30分钟。如果没有接住，用经消毒液浸泡的纱布擦去表面脏物，马上送孵化室消毒。入孵之前，用消毒药(温度不要超过40℃)浸泡20-30秒，然后用消毒过的干纱布擦干种蛋即可入孵。
孵化室的消毒孵化室地板每隔两天用消毒药拖擦1次，墙壁、天花板每半月用消毒药喷洒1次，1个月进行全面清扫1次。
孵化机的消毒每次孵化之前，孵化机内外及表面要用消毒药擦拭一遍，并用福尔马林熏蒸消毒。
适宜的孵化条件适宜的温度经验证明，室温在18℃-25℃时，如果采用恒温孵化法，孵化温度控制在37℃效果最好，随着室温的升高，孵化温度可适当降低。也可采用变温孵化法，将孵化期分为前期、中期和后期，温度可分别控制为36.5℃、36℃、35.5℃，其相应相对湿度分别为22%、23%、25%，并且种蛋可按大、中、小或重、中、轻三个档次，实行分机孵化，能提高孵化率和健雏率。
合适的湿度对于恒温孵化法，前期孵化湿度可控制在20%-25%，转入出雏机湿度应相对提高，通常为30%-40%，后期湿度相对较高有利于雏鸟啄壳。
合理通风与凉蛋胚胎发育需要新鲜的空气和充足的氧气，二氧化碳和各种有害气体不要超标，因此，应定期通风换气。鸵鸟蛋的体积较大，蛋壳较厚，尤其后期产热较多，应注意晾蛋。
正确的孵化操作过程入孵时，一定要使鸵鸟蛋的大头朝上，依贮存期、产蛋期分清批次，认真记录，尽量不要混孵，以免造成出雏的混乱；孵化过程中要翻蛋；孵化程序为:蛋的挑选→消毒→贮存室→孵化室→入孵→消毒→出鸟→发鸟作业，避免交叉感染。